许多应用软件包含专有信息和算法。一些防御软件和军事软件可能包含机密信息。专利侵权诉讼和知识产权盗窃诉讼的数量越来越多，并且还有继续增长的趋势。与过去相比.通过黑客或贿赌工作人员来盗窃软件数据的案件也在增多。商业软件供应商也担心盗版和非法复制软件的问题。这个问题的解决方案包括注册、激活和在某些情况下实际监控软件在客户电脑上的运行情况。然而，这些解决方案只有部分可行，在许多发展中国家甚至在工业化国家，复制非法商业软件的情况也是很常见的。一个常见的解决方案是对关键规范和代码段进行加密。然而，这个方法会给开发团队带来很多后续问题，因为人们需要理解未加密信息的含义。
未来，一个合理的解决方案将结合云计算，也就是应用程序可以存在网络服务器上，而不是个人电脑上虽然这种方法可以保护软件本身，但它也并不是没有问题的，其可能会受制于黑客从无线网络的拦截，甚至股务器拒绝访问。知识产权的保护需要专家提供法律建议，且需要专家提供物理安全和网络安全方面的建议，而这里只给出了一些一般的建议。
要注意确保办公室、笔记本电脑、家用电脑的安全，当然还有电子邮件的安全。旅行或出国参观时。电脑、笔记本电脑被盗。甚至笔记本电脑丢失都有可能发生。很多公司禁止员工携带电脑到海外。除了计算机安全外.有时候可能还需要限制U盘、DVD、可读写CD光盘以及其他可移动媒介的使用。一些公司和政府机构禁止员工抉带可移动磁盘进出办公室。